thumb|Profesor Karol Karski (w środku) z rektorem UO prof. Stanisławem Nicieją i abp. prof. Alfonsem Nossolem (2014)
W 1978 r. uzyskał w ChAT stopień doktora nauk teologicznych, a w 1991 r. rozpoczął na tej uczelni pracę naukową. W 1992 lub 1993 r. Wydział Teologii Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawła II nadał mu stopień doktora habilitowanego nauk teologicznych na podstawie pracy pt. „Dążenia ekumeniczne we współczesnym świecie”. W 1993 r. objął stanowiska profesora nadzwyczajnego i kierownika Katedry Ekumenizmu ChAT. W latach 1996–2002 był prorektorem tej uczelni. W 2002 r. otrzymał tytuł naukowy profesora nauk teologicznych. W latach 2011–2012 był kierownikiem studiów doktoranckich ChAT.
W latach 2007–2011 był członkiem Komitetu Nauk Teologicznych Polskiej Akademii Nauk.
thumb|240px|Grób prof. Karola Karskiego na cmentarzu ewangelicko-augsburskim przy ul. Młynarskiej w Warszawie w dniu pogrzebu Był jednym z najaktywniejszych ekumenistów w Polsce. Pełnił funkcję prezesa Zarządu Fundacji Ekumenicznej „Tolerancja”. Do 2019 r. był redaktorem naczelnym periodyku „Studia i Dokumenty Ekumeniczne”.