Athletic Aviación nie przystąpił jednak, jak pierwotnie planowano, do rozgrywek drugiej ligi i został przesunięty do Primera División. Powodem tego było zniszczenie na skutek wojny stadionu pierwszoligowego wówczas Realu Oviedo, który na rok zawiesił grę w rozgrywkach ligowych. Athletic Aviación rozegrał więc baraż o udział w pierwszej lidze z drużyną Osasuny i 26 listopada w Walencji pokonał 3:1 ekipę z Nawarry.
Lata 40.: Zmiany nazwy i pierwsze tytuły mistrzowskie Sezon 1939/1940 był pierwszym po wojnie domowej. Zespół Athletic, prowadzony przez legendarnego trenera Ricarda Zamorę, do końca sezonu walczył o mistrzostwo kraju i ostatecznie 28 kwietnia 1940 dzięki zwycięstwu 2:0 nad Valencią zapewnił sobie pierwszy w historii tytuł mistrzowski.
W sezonie 1940/1941 na krótko zespół objął Ramón Lafuente, ale potem na stanowisko trenera powrócił Zamora, który doprowadził zawodników Athletic Aviación do drugiego z rzędu mistrzostwa kraju. Największy udział w tym sukcesie miał napastnik Pruden, który z 30 golami na koncie został królem strzelców ligi, będąc tym samym pierwszym zawodnikiem „Los Colchoneros”, który tego dokonał. Pruden nie przedłużył jednak kontraktu z Athletic Aviación i po sezonie odszedł do Salamanki.