Historia mały|Pociąg Kolei Mazowieckich relacji RE90 "Ciechan" wjeżdżający na stację Legionowo Stacja powstała podczas budowy Kolei Nadwiślańskiej i została otwarta 29 sierpnia 1877 roku. Jej pierwotną nazwą była Jabłonna. Budynek dworca został zbudowany z bali drewnianych, które obito sosnowymi deskami. W środku znajdowały się kasy, biuro, mieszkanie zawiadowcy (na piętrze) oraz bufet. Budynek został spalony podczas wycofywania się wojsk rosyjskich w 1915 roku. W 1936 roku ogłoszono przetarg na budowę nowego dworca, a w 1937 zakończono jego budowę. Podczas wkroczenia wojsk niemieckich w 1939 roku stacja nie ucierpiała, jednak podczas wycofywania się wojsk hitlerowskich, żołnierze zdemontowali sygnalizację kolejową, zniszczyli tory kolejowe i zdetonowali budynek dworca. Po wojnie cegły ze zniszczonego budynku zostały wykorzystane do budowy pomnika upamiętniającego żołnierzy poległych w kampanii wrześniowej oraz Polaków dotkniętych represjami po Powstaniu Warszawskim.
Remont stacji trwał w latach 2008–2010 w ramach przebudowy linii kolejowej nr 9 (Warszawa Wschodnia – Gdańsk Główny) . Projekt zakładał wydłużenie peronów, wymianę torów i podtorza oraz dostosowanie stacji do ruchu pociągów z prędkością 160 km/h. Wtedy również zlikwidowano przejścia naziemne oraz kładkę nadziemną łączącą perony i zbudowano przejście podziemne.