Tam też napisał po łacinie swe dzieło „De senatu Romano libri duo” („O Senacie Rzymskim Księgi Dwie”), broszurę o starożytnym Rzymie, w której doszukiwał się odniesień zasad konstytucyjnych republiki rzymskiej do Korony Królestwa PolskiegoNierówność poszczególnych fragmentów tego dzieła nasunęła podejrzenia, iż Zamoyski nie jedynym jego autorem. Prawdopodobnie pisał ten utwór pod kierunkiem Sygoniusza, zob. S. Grzybowski, Jan Zamoyski, Warszawa 1994, s. 26; S. Leśniewski, Jan Zamoyski, Warszawa 2008, s. 13.. W oparciu o to dzieło uzyskał doktoratMirosław Korolko, Seminarium Rzeczypospolitej Królestwa Polskiego. Humaniści w kancelarii królewskiej Zygmunta Augusta, Warszawa 1991, s. 240.. Od początku studiów poważnie interesował się polityką. Po powrocie do kraju został mianowany sekretarzem króla Zygmunta II Augusta w 1565 r. Jako sekretarz królewski uczestniczył w obradach sejmu lubelskiego w 1569 roku. W 1569 wszedł w skład komisji porządkującej archiwum koronne na Wawelu i przez trzy lata, czytając i segregując dokumenty, poznawał system polityczny i gospodarczy Rzeczypospolitej oraz sposoby tworzenia magnackich majątków.