W Portugalii przeciwko Janowi VI wystąpił z kolei drugi syn, Michał, który wywołał powstanie konserwatystów i dążył do przywrócenia absolutyzmu.
Rebelię w Portugalii udało mu się zdławić w 1824 z pomocą wojsk angielskich. Jan VI nie zdołał jednak podporządkować sobie z powrotem Brazylii i w 1825 ostatecznie uznał jej pełną niezależność.
Przed śmiercią regentką Portugalii wyznaczył córkę Izabelę Marię. Nie wskazał jednak następcy tronu, co spowodowało kilkuletni kryzys i wojnę pomiędzy jego dwoma synami – Michałem i Piotrem – o władzę.
Życie prywatne W 1785 ożenił się z infantką hiszpańską Charlottą Joachimą Burbon. Ze związku pochodziło dziewięcioro dzieci: Maria Teresa – księżniczka Beira Antoni – książę Beira Maria Izabela – królowa Hiszpanii Piotr IV – król Portugalii i cesarz Brazylii Maria Franciszka – hrabina Molina Izabela Maria – regentka Portugalii Michał I – król Portugalii Maria da Assunção Anna de Jesus
Odznaczenia Portugalskie Wstęga Trzech Orderów Wielki Mistrz Orderu Wieży i Miecza (restaurator w 1808) Wielki Mistrz Orderu Chrystusa Wielki Mistrz Orderu Św. Benedykta z Avis Wielki Mistrz Orderu Św.