Priorytet jednak następnie przyznano uzbrojonemu w 2 pociski kierowane powietrze-powietrze K-7 lub K-6 drugiemu prototypowi PT-8-4, przebudowanemu z pierwszego seryjnego T-3. Oblatany został 21 lutego 1958 (pilot Władimir Iliuszyn). Zachowano w nim także działka. W czerwcu 1958 jednak przerwano prace nad uzbrojeniem T-3 w działka, pociski K-7 i stację Ałmaz jako nieperspektywiczne.
Su-11 Zamiast prac nad zastosowaniem radaru Ałmaz i pocisków K-7 postanowiono zaadaptować do płatowca T-47 system uzbrojenia z myśliwca Jak-27P – stację radiolokacyjną Orieł i pociski K-8M. Samolot w takiej konfiguracji, wraz z półautomatycznym systemem naprowadzania z ziemi, miał tworzyć cały kompleks przechwytujący T-3-8M. Ponieważ w sierpniu 1958 prototyp PT-8-4 został zniszczony przy awaryjnym lądowaniu, pierwszym prototypem w nowej konfiguracji został T-47-3 (przebudowany z przedseryjnego T-3 – PT-7). W 1959 i 1960 dołączyły do niego cztery kolejne, przebudowane z pierwszych seryjnych T-47. W toku prób powiększono zbiorniki paliwa i w celu skompensowania pogorszenia własności lotnych przez większą część nosową, zastosowano mocniejszy silnik Liulki AŁ-7F-2.