W niektórych sytuacjach przy napotkaniu sił partyzanckich uchylali się nawet od podjęcia walki.
Zakończenie działalności i rozliczenie ze zbrodni Pod koniec sierpnia 1944, kiedy powstanie narodowe ogarniało coraz większą część Francji, Joseph Darnand wyprowadził z ziem zajmowanych przez partyzantów i regularne oddziały alianckie ok. 6 tys. milicjantów i ok. 4 tys. członków ich rodzin do zaanektowanej przez Rzeszę Alzacji, a następnie do Niemiec. Tam na początku 1945 ok. 1,5 tys. byłych bojówkarzy (m.in. Darnanda i Jeana de Vaugelas) wcielono do zbudowanej na bazie LVF (z którego wywodziła się część milicjantów) 33 Dywizji Grenadierów SS „Charlemagne”. Część członków Milicji Francuskiej skierowano do północnych Włoch, gdzie do końca wojny razem z Niemcami i Narodową Armią Republikańską walczyli przeciwko lokalnym brygadom partyzanckim.
Jeszcze w czasie okupacji Francuskie Siły Wewnętrzne i wcześniejsze organizacje Ruchu Oporu często przeprowadzały zamachy na członków Milicji. Podczas powstania narodowego oraz krótko po wyzwoleniu kraju bojownicy FFI wraz z ludnością cywilną dokonywali samosądów na milicjantach, m.in. w Le Grand-Bornand pod koniec sierpnia 1944 (okres tzw. epuration).