W konsekwencji doszło do reorganizacji zarządu województwa i powstania nowej koalicji (WM-PSL-Platforma Obywatelska) z dominującą rolą PO i jednoczesnym utrzymaniem stanowiska marszałka przez Marka Nawarę.
Był członkiem Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa (SKOZK), pełnił funkcję przewodniczącego Małopolskiej Rady Innowacji.
20 lutego 2009 uległ wypadkowi na stoku w Alpach w Austrii, w wyniku czego doznał ciężkiego urazu głowy. Przez 35 dni pozostawał w śpiączce farmakologicznej, po wybudzeniu lekarze nie stwierdzili trwałego uszkodzenia pnia mózgu.
W 2010 prezydent RP Lech Kaczyński powołał go na członka Narodowej Rady Rozwoju. W tym samym roku bez powodzenia ubiegał się o reelekcję do sejmiku, a 2 grudnia tego samego roku na stanowisku marszałka województwa zastąpił go Marek Sowa.
Został pochowany w alei zasłużonych na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera LXIX, pas C/2/1a).
Jego imieniem nazwano ulice w Krakowie (2017) i Batowicach (2022).