Swój pierwszy triumf w grze pojedynczej odniósł w październiku w halowym turnieju w Sztokholmie, wygrywając w finale z Robinem Söderlingiem 7:5, 3:6, 7:6(4).
Sezon zakończył na 20. pozycji w światowym rankingu.
Sezon 2004 thumb|Mardy Fish wykonujący serwis podczas turnieju w San José Rozgrywki Australian Open Fish zakończył już w I fazie po porażce z Ivo Karloviciem. Na początku lutego doszedł do finału w San José, po wcześniejszej wygranej nad m.in. Andre Agassim. Spotkanie finałowe Fish rozegrał z Andym Roddickiem, z którym przegrał 6:7(13), 4:6. Również w grze podwójnej osiągnął finał. Wspólnie z Jamesem Blakiem pokonali w meczu o tytuł parę Rick Leach-Brian MacPhie 6:2, 7:5. Tego samego miesiąca, podczas rozgrywek singlowych w Memphis Fish uzyskał półfinał, przegrywając z Joachimem Johanssonem.
Trzecie turniejowe zwycięstwo w deblu Amerykanin odniósł w Houston na nawierzchni ziemnej. Wraz z Jamesem Blakiem wygrali w finale ponownie nad duetem Rick Leach-Brian MacPhie, rezultatem 6:3, 6:4. Później, na około okres dwóch miesięcy, Amerykanin musiał zrezygnować ze startów w rozgrywkach z powodu urazu biodra. Do gry powrócił w czerwcu na turniej w niemieckim Halle. Amerykanin awansował do finału po wygranej m.in.