Powstającemu Sanhedrynowi podlegają następujące jednostki organizacyjne: Sekretariat – zapewnia Sanhedrynowi obsługę administracyjno-biurową; sekretarz Sanhedrynu – rabin Dov Stein, Sąd Specjalny ds. Narodu i Państwa – rozstrzyga o nieważności izraelskich przepisów państwowych sprzecznych z prawem halachicznym; prezes Sądu – rabin Yisrael Ariel, Sąd Specjalny ds. Synów Noego – rozstrzyga sprawy z zakresu przestrzegania przez nie-żydów 7 przykazań Noachickich danych im przez Boga po potopie; prezes Sądu – rabin Yoel Schwartz; Komitet Badawczy ds. Dokładnej Lokalizacji Świętej Świątyni i Ołtarza – zajmuje się organizowaniem i koordynowaniem przygotowań do odbudowy Świątyni Jerozolimskiej; przewodniczący Komitetu – rabin Gidon Harlapp, Komitet Badania i Pomocy dla Potomków Anussim – zajmuje się przywracaniem żydowskiej tożsamości religijno-narodowej potomkom przymusowo ochrzczonych Żydów, Komitet Badania i Rozwoju Administracji oraz Cywilnej Organizacji Narodu Żydowskiego Zgodnie z Torą w Kraju Izraela i w Diasporze – zajmuje się przygotowaniem reformy Państwa Izrael w kierunku państwa podległego prawu halachicznemu, Komitet Badania i Rozwoju Relacji Między Judaizmem a Islamem – zajmuje się dialogiem z muzułmanami w celu zaprowadzenia pokojowych stosunków Izraela ze światem islamu.