Tylman z Gameren opracował również projekt posadzki. Ma ona formę trójkolorowych rombów ułożonych z tafli czarnego, białego i wiśniowego marmuru, co daje iluzjonistyczny efekt piętrzących się kubików.

Architektura i wyposażenie Kościół wzniesiono na planie krzyża greckiego połączonego z ośmiobocznym prezbiterium, a na przecięciu ramion krzyża zbudowano kopułę na tamburzeInaczej: bębnie.. Bryła świątyni zachowała swój pierwotny układ proporcji, a wnętrze nie uległo większym zmianom, zachowując wystrój z końca XVII wieku.

Wystrój malarski wnętrza ukazuje życie i działalność patrona świątyni – św. Antoniego z Padwy: z 69 obrazów 63 przedstawiają sceny z jego życia. W nawie seria ośmiu wertykalnych malowideł ukazuje głównie sceny uzdrowień dokonanych przez świętego, a ostatni fresk przedstawia moment jego śmierci. W ołtarzu głównym znajduje się wizerunek św. Antoniego, uznawany za cudownyStanisław Herakliusz Lubomirski otrzymał go od barona de Tassis w Wenecji;