W czasie sesji nagraniowej do albumu Flip Your Wig wytwórnia Warner Bros. zaproponowała zespołowi kontrakt płytowy. Muzycy czując, że dotychczasowa współpraca z firmą SST Records – która borykała się z ciągłymi problemami dystrybucyjnymi (co utrudniało sytuację Hüsker Dü na rynku muzycznym) – osiągnęła maksymalny pułap możliwości, postanowili podpisać umowę z Warnerem, zastrzegając sobie jednak prawo do pełnej kontroli nad poczynaniami artystycznymiMichael Azerrad, Our Band Could Be Your Life, Little Brown and Company, 2001. , str. 190.
Dwie kolejne płyty z 1986 i 1987 nagrane dla Warnera: Candy Apple Grey i Warehouse: Songs and Stories ukazały zespół jako dojrzały w warstwie zarówno muzycznej, jak i tekstowej. Po samobójstwie menadżera grupy Davida Savoya (tuż przed wydaniem albumu Warehouse: Songs and Stories), większość jego obowiązków przejął Bob Mould. W tym czasie konflikt między nim a Grantem Hartem na tle osobistym i artystycznym przybrał na sile, co doprowadziło do rozpadu zespołuMichael Azerrad, Our Band Could Be Your Life, Little Brown and Company, 2001. , str. 194. Zespół został rozwiązany 26 stycznia 1988 roku.
W październiku 1994 roku ukazał się zapis ostatnich koncertów Hüsker Dü z 1987 roku pt. The Living End.