Uszy i nozdrza hipopotamka karłowatego mają silnie umięśnione zastawki wspomagające go w czasie nurkowania, zaś jego skóra jest fizjologicznie uzależniona od obecności wody.
Zachowanie Zachowanie hipopotamka karłowatego różni się od jego popularnego kuzyna na wielu płaszczyznach. Wiele spośród jego zachowań behawioralnych przypomina te, jakimi odznacza się tapir, co jest efektem konwergencji. Podczas gdy hipopotam nilowy jest zwierzęciem stadnym, hipopotamek karłowaty żyje samotnie lub w małych grupach, przeważnie w parach kopulacyjnych lub cielak z opiekującą się nim matką. W czasie spotkań wolą unikać swojej obecności niż prowadzić między sobą walki. Badania terenowe dowodzą, że rewir jaki wyznaczają dla siebie samce hipopotamków przekracza 185 ha, zaś samice mieszczą się w granicach pomiędzy 40 a 60 ha.