Twierdzenie to spotkało się z powszechną akceptacją, zanim Boisserie po dokładnym zbadaniu filogenezy hipopotamowatych, w 2005 stwierdził, że hipopotamek karłowaty nie należał do Hexaprodoton, zasugerował natomiast, że hipopotam karłowaty należy do osobnego rodzaju, i tak zwierzę powróciło do Choeropsis. Ówczesny hipopotamek karłowaty jest zgodnie uznawany za H. liberiensis lub C. liberiensis i jest jedynym żyjącym przedstawicielem swojego rodzaju.
Nigeryjskie odmiany hipopotamka karłowatego Odrębny podgatunek hipopotamka karłowatego żył w Nigerii do końca dwudziestego wieku. Obecność tego podgatunku zdeterminowała uznanie Choeropsis liberiensis liberiensis (a w starej nomenklaturze Hexaprotodon liberiensis liberiensis) jako pełnej, trynominalnej nomenklatury dla liberyjskiego hipopotamka karłowatego. Podgatunek nigeryjskiego hipopotamja karłowatego nigdy nie został zbadany w jego naturalnym środowisku i nigdy nie został schwytany. Wszystkie okazy jakie przebadano oraz zgromadzono w zoo należały do podgatunku liberyjskiego. Podgatunek nigeryjski klasyfikuje się jako C. liberiensis heslopi.