Opis Hipopotamek karłowaty ma ten sam zarys formy jak hipopotam nilowy – gruby szkielet z czterema krótkimi kończynami, z których każda wyposażony jest w 4 palce wspomagające tęgą sylwetkę. Ciało jego, mimo iż tak wydatne, stanowi jedynie 1/4 masy hipopotama nilowego i połowę jego wysokości. Starsze hipopotamy karłowate mierzą 75–83 cm wysokości w barkach i 150–177 cm długości przy masie 180–275 kilogramów. W niewoli żyją 30–55 lat, lecz w ich naturalnym środowisku ich średni żywot jest zdecydowanie krótszy.
thumb|200px|Hipopotamek karłowaty odpoczywający w Louisville Zoo. Jego czaszka ma mniej wydatne nozdrza i oczodoły niż czaszka hipopotama nilowego Skóra jest zielonkawo-czarna lub brązowa z kremowym odcieniem w dolnej części ciała. Ich skóra bardzo przypomina tą jaką posiadają hipopotamy nilowe, z cienkim naskórkiem okrywającym kilkucentymetrową skórę właściwą. Hipopotamki karłowate posiadają ten sam interesujący pot jaki można spotkać u hipopotamów nilowych, nadający zwierzęciu różowy odcień co czasami opisywano jako „krwawy pot”, lecz wydzieliną nie jest w żadnym wypadku ani krew ani typowy pot. Jest to silnie zasadowa substancja, która jak się uważa ma charakter antyseptyczny i działa jak filtr słoneczny.