Kandydatem na wiceprezydenta u boku Parkera został były senator z Wirginii Zachodniej Henry Gassaway Davis.
Przeciwnikiem Parkera był bardzo popularny urzędujący republikanin Theodore Roosevelt, który znajdował się znacznie odeń na lewo.
Ponieważ Roosevelt był bardzo popularnym prezydentem, a demokraci mocno podzieleni, Parker przegrał wybory znaczną różnicą głosów. Zwolennicy Bryana w większości poparli bliższego im ideologicznie Roosevelta. Parker i Davis zdobyli 5,083,880 głosów (37,6%), co dało im 140 głosów w kolegiom elektorskim, wobec 7,630,457 (56,4%) i 336 elektorów popierających Roosevelta. Parker zdobył tylko stany południa, będące w owym czasie bastionem demokratów ('Yellow dog Democrats). Po swej porażce Parker, który nie mógł powrócić do zawodu sędziego.
Pisarz Irving Stone w swej poświęconej przegranym kandydatom do prezydentury książce pt. They Also Run („oni także kandydowali”) wyraża pogląd, iż Parker mógłby być dobrym prezydentem, ale przegrał w dużej mierze z barwną osobowością Roosevelta.