Początkowo myślano, że to średniowieczny zegar, który przypadkiem spadł na starożytny wrak, gdyż nie były znane tak złożone urządzenia z tamtych czasów, dalsze badania potwierdziły jednak wiek znaleziska.
thumb|500px|Schemat mechanizmu Mechanizm jest zniszczony, jednak na podstawie ocalałych fragmentów badaczom udają się coraz dokładniejsze rekonstrukcje. W 1974 Derek J. de Solla Price z Uniwersytetu Yale, po 20 latach badań, odkrył jego przeznaczenie i uznał, że całość składa się z 31 kół. Najnowsza rekonstrukcja została wykonana przy zastosowaniu tomografu komputerowego dającego trójwymiarowy obraz i przedstawiona w „Nature” w 2006Decoding the ancient Greek astronomical calculator known as the Antikythera Mechanism . przez zespół badaczy pod kierunkiem Mike’a G. Edmundsa z uniwersytetu w Cardiff. Badacze odczytali między innymi większość inskrypcji, pokrywających mechanizm (z liczby – jak uznano – 2000 znaków tylko 1000 było odczytanych wcześniej) oraz policzyli zęby wszystkich kół zębatych. 9 czerwca 2016 ogłoszono wynik kolejnego badania przez zespół naukowców greckich. Rozpoznano 82 podzespoły zegara i odczytano na nich 3400 znaków, uznając to za niemal całość zapisuRelacja z odczytu w Bibliotece Historycznej, Fundacji im.