Historia Organizacja powstała w roku 1989 na I Zjeździe Założycielskim w Elblągu z inicjatywy Tadeusza Kundy, Grzegorza Felsa, ks. prof. Bernarda Wodeckiego SVD, s. Zofii Klimowskiej AVD oraz kilkudziesięciu osób duchownych i świeckich. Pierwszy ośrodek Stowarzyszenia powstał 20 października 1990 w Toruniu (par. Najświętszej Maryi Panny). W tym czasie Effatha była prekursorem inicjowania powstawania ośrodków interwencyjno-konsultacyjnych ds. przeciwdziałania i informowania o szkodliwości działań sekt i nowych ruchów religijnych. Do roku 1995 przeciwdziałała rozprzestrzenianiu się Organizacji Świadków Jehowy. W 1997 z przyczyn finansowych zatrzymano ukazywanie się czasopisma „EFFATHA – Otwórz się!”, co utrudniło popularyzowanie idei Stowarzyszenia oraz zmniejszyło liczbę jej członków i sympatyków. Dnia 9 listopada 1996 Stowarzyszenie EFFATHA zostało przyjęte w poczet Rady Ruchów Katolickich w Warszawie, a 22 maja 1998 roku nabyło osobowość prawną. W latach 1996–1998 zostało zatwierdzone w następujących diecezjach: rzeszowska, zielonogórsko-gorzowska, warszawsko-praska, gliwicka, a czynności legislacyjne trwają w kilku pozostałych. 1 maja 2007 podjęto decyzję o przeniesieniu Centrali Stowarzyszenia EFFATHA z Marek-Strugi (koło Warszawy) do Gliwic.