Systematyka lewo|mały|Ogier Podgatunek opisano jako nowy gatunek Equus przewalskii w 1881 roku przez Iwana Siemionowicza Polakowa. Jako miejsce typowe nowego gatunku konia wskazano Gucheng, na granicy chińsko-rosyjskiej. Zwierzę to zostało nazwane na cześć Nikołaja Przewalskiego, który odkrył je w 1879 i zebrał okazy, na podstawie których Iwan Polakow opisał je w 1881 roku.
Taksonomia konia Przewalskiego jest problematyczna i nierozwiązana. Colin P. Groves zaproponował, aby wszystkie konie żyjące w czasach współczesnych zawrzeć w obrębie jednego gatunku, Equus ferus: wówczas ten gatunek należało podzielić na 3 podgatunki E. f. ferus, E. f. sylvestris ze wschodniej Europy oraz E. f. przewalskii z terenów zachodniej Azji. W 1986 roku zasugerował również, aby zastąpić nazwę naukową konia domowego (E. caballus) nazwą ferus, gdyż Karol Linneusz swój naukowy opis oparł na udomowionym zwierzęciu. Don Ellis Wilson wraz z D. M. Reeder twierdzą odwrotnie w pracy Mammal Species of the World (wersja z 1993 roku). W 2. woluminie serii Handbook of the Mammals of The World napisano, że pomimo wielu populacji koni domowych wolno żyjących na całym świecie, koń Przewalskiego jest jedynym prawdziwym dzikim koniem, którego populacje pochodzą od reintrodukowanych osobników wyhodowanych w ogrodach zoologicznych.