W krajobrazie Cape Breton oprócz skalistych wybrzeży wyróżniają się rozległe płaskowyże, zwłaszcza w północnej części wyspy: Wyżyna Cape Breton, stanowiąca przedłużenie kontynentalnego łańcucha Appalachów, osiąga 532 m n.p.m. Rozdzielają je doliny wyżłobione niegdyś przez lodowiec, którym towarzyszą wzgórza morenowe. Od strony Atlantyku stoki wyżyn porastają lasy typu tajgi, z charakterystycznymi dla Kanady gatunkami drzew, jak klon cukrowy, świerk kanadyjski, sosna, jodła czy brzoza. Na samym wybrzeżu roślinność jest cherlawa i karłowata ze względu na silne, słone wiatry. Ziemie uprawne położone są na pagórkowatych terenach w głębi wyspy lub na nielicznych nizinach na jej zachodnim wybrzeżu.
W 1936 r. rząd Kanady ustanowił na terenie Wyżyny Cape Breton Park Narodowy Cape Breton Highlands o powierzchni 950 km², obejmujący północną część wzgórz. Autostrada Cabot Trail („Szlak Cabota”) biegnie tu nadbrzeżną równiną, oferując widok zarówno na tereny parku, jak i na ocean.
System hydrologiczny wyspy obejmuje zarówno zbiorniki wody morskiej – Bras d’Or Lake i system fiordów;