Działał w Socjalistycznym Związku Studentów Polskich. W 1999 został członkiem Sojuszu Lewicy Demokratycznej. Był współautorem programu partii w zakresie służby zdrowia. W wyborach parlamentarnych w 2001 uzyskał mandat poselski z listy SLD-UP z okręgu podwarszawskiego, otrzymując 7511 głosów. 19 października 2001 objął urząd ministra zdrowia w nowo powołanym rządzie Leszka Millera.
Był przeciwnikiem wprowadzonego przez rząd Jerzego Buzka systemu kas chorych, pozostawał w konflikcie z częścią dyrektorów (m.in. z Andrzejem Sośnierzem). Jako minister zdrowia doprowadził do zastąpienia kas chorych Narodowym Funduszem Zdrowia. W 2004 Trybunał Konstytucyjny uznał podstawowe przepisy ustawy o powszechnym ubezpieczeniu w Narodowym Funduszu Zdrowia za sprzeczne z Konstytucją RP..
Ze stanowiska ministra Mariusz Łapiński został zdymisjonowany 17 stycznia 2003, oficjalnie z powodu treści podpisanego bez konsultacji z premierem porozumienia ze związkowcami ze śląsko-dąbrowskiej „Solidarności”, w którym minister zobowiązał się do wystąpienia do rządu o umorzenie pożyczki udzielonej w 2000 z budżetu kasom chorych.