Świetność Nowego Miasta nie trwała jednak długo - wkrótce stało się jednym z najbiedniejszych rejonów Pragi, miejscem, gdzie rodziły się radykalne ruchy społeczne i religijne. Mieszkańcy gorąco popierali husytów w okresie walk religijnych (z nowomiejskiego ratusza wyrzucono katolickich rajców podczas pierwszej defenestracji).
W 1784 Nowe Miasto straciło samodzielność i weszło, wraz z innymi historycznymi miastami, w skład zjednoczonej Pragi jako jedna z dzielnic.
Większość istniejących dzisiaj budynków pochodzi z drugiej połowy XIX wieku, kiedy władze miejskie rozpoczęły likwidację slumsów i całkowicie przebudowały dzielnicę (podobnie jak Josefov). Ze starszej zabudowy pozostała średniowieczna siatka ulic, kościoły i nieliczne, najbardziej wartościowe obiekty, a ich miejsca zajęły reprezentacyjne kamienice bogatych przedsiębiorców oraz gmachy użyteczności publicznej w różnych stylach architektonicznych (najbardziej widoczna jest secesja).
Obecnie Nowe Miasto jest rzadziej odwiedzane przez turystów niż inne centralne dzielnice miasta;