Decyzja była tym bardziej zaskakująca, że zespół z Maranello przechodził wtedy kryzys, a jego samochody były awaryjne.
Ferrari W zespole Ferrari jeździł przez pięć lat. Na początku jego partnerem był jego rodak, doświadczony Alain Prost, przy którym Alesi mógł wiele się nauczyć. W sezonie 1991 zdobył 21 punktów (m.in. dzięki trzecim miejscom w Grand Prix Monako, Grand Prix Niemiec i Grand Prix Portugalii), co zaowocowało siódmym miejscem w klasyfikacji generalnej. Ponadto w swoim pierwszym wyścigu w Ferrari, Grand Prix USA, zaliczył najszybsze okrążenie. Następny sezon Alesi zakończył również na siódmym miejscu (tym razem uzyskał 17 punktów), dwukrotnie zajmując trzecie miejsca – w Hiszpanii oraz Kanadzie. Po tym sezonie do Ferrari przyszedł Austriak Gerhard Berger, z którym, jak się okazało, Alesi miał spędzić razem w jednym zespole kilka następnych lat. Pierwsza połowa sezonu 1993 była nieudana dla obu kierowców (Alesi zdobył 4 punkty), ale w drugiej, między innymi dzięki drugiemu miejscu w Grand Prix Włoch, było znacznie lepiej, co na koniec sezonu zaowocowało szóstym miejscem Francuza w klasyfikacji kierowców. Sezon 1994 był dla Francuza udanym rozdziałem w swojej karierze w Formule 1. Zdobył on 24 punkty (m.in.