Swobody religijne oraz wolność wyznania zagwarantował mieszkańcom Rzeczypospolitej Akt Konfederacji warszawskiej z 28 stycznia 1573 roku. Dokument ten uważany jest za początek gwarantowanej prawnie tolerancji religijnej w I Rzeczypospolitej oraz całej ówczesnej Europie. Swobody religijne w Rzeczypospolitej skłoniły wielu prześladowanych przez Świętą Inkwizycję w innych krajach europejskich innowierców do masowej emigracji do Polski. Dla przykładu po edykcie wydanym w 1548 roku przez cesarza Ferdynanda I, który nakazywał braciom czeskim nawrócenie się na katolicyzm lub emigrację, znaleźli oni schronienie w RzeczypospolitejHenryk Gmiterek, „Bracia czescy a kalwini w Rzeczypospolitej”, Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej, Wydz. Humanistyczny, Lublin 1987..
Sytuacja zmieniła się radykalnie po potopie szwedzkim, kiedy to zaczęto obawiać się wszystkiego co obce. Wiązało się to głównie z masowym poparciem, jakiego protestanci udzielili Szwedom podczas potopu szwedzkiego. Wzrosła rola katolicyzmu, w 1658 wygnano arian, w 1733 odebrano różnowiercom prawo sprawowania urzędów.