W 2003 po raz pierwszy uzyskał sto punktów. Rok później zaczął udowadniać słuszność porównywania go do Iana Bothama, w ciągu dwóch lat "windując" swoją batting average (średnią odbicia) do 43, a bowling average (średnią rzutu, która powinna być jak najniższa) obniżając z 47 do 28. Latem 2003 zaliczył "setkę" i trzy "pięćdziesiątki" w domowej serii meczów testowych przeciw RPA, a kolejną "setkę" dołożył w jednym z meczów z Indiami Zachodnimi wiosną 2004.
Na początku 2005 Flintoff przeszedł operację lewej kostki. Wywołało to obawy, iż nie zdąży ukończyć rehabilitacji przed rozpoczęciem The Ashes. Stało się jednak inaczej – Andrew był gotów do gry w kwietniu, a Anglia przy jego wydatnym udziale wygrała turniej; sam Flintoff został uznany jego najlepszym zawodnikiem. Ten sukces doprowadził również do odznaczenia go Orderem Imperium Brytyjskiego.
We wrześniu 2010 przerwał zawodową karierę, by wznowić ją w czerwcu 2014, podpisując kontrakt z Lancashire (turniej NatWest T20 Blast).