W 1996 roku Sederot oficjalnie otrzymało prawa miejskie.
Od 2001 roku do początku 2009 roku zachodni Negew znajdował się pod ciągłym ostrzałem rakietowym prowadzonym przez Hamas ze Strefy Gazy. W latach 2004–2009 wiele rakiet Hamasu było wycelowanych w Sederot, przez co wielu jego mieszkańców zginęło, w tym jedno dwuletnie i dwoje czteroletnich dzieci, gdy rakiety wystrzelono w kierunku przedszkoli i budynków mieszkalnych w mieście. Mieszkańcy Sederot codziennie doświadczają syren alarmowych i wybuchów rakiet. Żyją w schronach przeciwbombowych, a uczniowie często muszą realizować obowiązek szkolny w podziemnych pomieszczeniach szkół. Podczas izraelskiej operacji wojskowej w Strefie Gazy na przełomie 2008 i 2009 roku szkoły były zamknięte, ponieważ Hamas wycelował swoje rakiety w tego typu placówki, a także w przedszkola i inne budynki cywilne.