Wówczas prawdopodobnie nastąpiło pierwsze zbliżenie pomiędzy późniejszymi małżonkami. Pobyt króla został wtedy przedłużony, oficjalnie z powodu szerzącej się zarazy. Romans był kontynuowany w Wilnie, w tym czasie Zygmunt August był jeszcze małżonkiem Elżbiety Austriaczki.
Dopiero, gdy król został wdowcem, zawarł potajemny ślub z Barbarą w 1547 roku. Małżeństwo wywołało burzę wśród szlachty i spotkało się ze sprzeciwem Zygmunta Starego i Bony. Na sejmie piotrkowskim 1548, senatorowie pod wodzą prymasa Mikołaja Dzierzgowskiego, Piotra Kmity, Jana Tęczyńskiego, Andrzeja Górki i Izba Poselska z Piotrem Boratyńskim i Stanisławem Podlodowskim na czele, żądali unieważnienia małżeństwa. Król odparł wszystkie ataki, stanowczością i energią zmusił wszystkich po kolei oponentów do uległości, doprowadził do koronacji Barbary, która była od tej pory była tytułowana: "z Bożej łaski królowa polska, wielka księżna litewska, ruska, pruska, mazowiecka"Michał Baliński, Pamiętniki o królowej Barbarze, żonie Zygmunta Augusta, G. Sennewald, 1843, s. 208..