Kariera filmowa Na dużym ekranie po raz pierwszy pojawiła się w 1998 w filmie Totalna magia, w którym zagrała u boku Sandry Bullock i Nicole Kidman. W tym samym roku wystąpiła w dwóch innych filmach: Na przekór całemu światu oraz Złodziejska zemsta. W 2001 roku Wood zagrała w filmie Mały sekret rolę utalentowanej skrzypaczki, która daje z siebie wszystko, aby osiągnąć mistrzostwo. Rok później aktorka wystąpiła w filmie Simone w reżyserii Andrew Niccola, opowiadającym historię producenta filmowego, który po odejściu gwiazdy filmowej decyduje się na zastąpienie jej programem komputerowym.
W 2003 Wood zagrała obok Cate Blanchett i Tommy Lee Jonesa w dramacie Zaginione w reżyserii Rona Howarda. Film opowiada historię Maggie Gilkenson, która przez pięć lat walczy o ocalenie swojej córki z rąk porywacza – psychopatycznego mordercy o nadprzyrodzonych zdolnościach. W tym samym roku można było zobaczyć ją w filmie Trzynastka, historii nastoletniej Tracy, która ulega wpływom Evie, najpiękniejszej i najpopularniejszej dziewczyny w szkole, popadając w konflikt z matką i nauczycielami. W roli filmowej matki Wood wystąpiła Holly Hunter.