Do samego końca istnienia dominium warmińskiego, we Fromborku znajdowały się siedziba kapituły warmińskiej i kościelna siedziba biskupów (tron biskupi)Frombork, Szlak Kopernikowski..
Do dziś właśnie we Fromborku znajduje się katedra warmińska (w Olsztynie znajduje się jedynie konkatedra)Jan Tarnawa Frombork – duchowa stolica Warmii, Polonia Christiana, 2014-05-05..
Niezależnie od stolicy Warmii wyglądała sprawa faktycznej rezydencji biskupów. Zgodnie z prawem kościelnym, biskup warmiński wybierany był przez kapitułę fromborską, po czym w kościele katedralnym we Fromborku następował jego ingres, czyli formalne objęcie władzy nad diecezją. Formalnie Frombork był siedzibą „kościoła warmińskiego” i jego „pasterza”. Faktycznie, w związku z podziałem Warmii na ziemie biskupie i kapitulne (Frombork i okolice w 1320 roku przypadły kapitule), biskup warmiński rezydował w swoich dobrach.
Początkowo biskupi mieszkali w Braniewie, w 1340 roku przenieśli się na krótko do Ornety, a w 1350 roku do Lidzbarka Warmińskiego, gdzie odtąd była ich główna rezydencja.