Uniwersytet miał między innymi własne lochy, które można obecnie zwiedzić w starych budynkach uniwersytetu.
Przed duńską reformacją uniwersytet był nadzorowany przez biskupa Roskilde, który miał stanowisko kanclerza, tytuł który do dziś pozostał w niektórych średniowiecznych uniwersytetach, np. Uniwersytecie Oksfordzkim. W 1531 uniwersytet został zamknięty, ażeby zapobiec rozprzestrzenianiu się protestanckich nauk. został ponownie otwarty dopiero w 1537, rok po zwycięstwie strony protestanckiej w wojnie hrabskiej. Po reformacji to stanowisko straciło swoje znaczenie i zostało zniesione, albowiem korona duńska przejęła ziemie i instytucje kościelne. Studia teologiczne od tego czasu ukierunkowane były na kształcenie księży luterańskich. Oddzielny uniwersytecki system prawny również został zniesiony.
Do 2004 najwyższym organem uniwersytetu był konsystorz, w którym zasiadali profesorzy wybrani przez profesorów i studenci wybrani przez studentów. Rektor był wybierany spośród profesorów przez nich i przez studentów. Po reformie w 2004 konsystorz został zastąpiony zarządem, do którego wstępują również reprezentanci zewnętrzni, a wybory rektora zostały zastąpione procesem rekrutacji przez zarząd.