jedynie wydział lekarski przetrwał do 1823.
Uniwersytet w Moguncji otwarty został powtórnie w roku 1946, z 2088 studentami, w nowej siedzibie na terenie dawnych koszar wojskowych, położonych na wzgórzu poza centrum miasta, przekształconych przez władze francuskiej strefy okupacyjnej w kampus uniwersytecki.
Obecnie kształci się tu około 32 tys. studentów. Uczelnia posiada wysoko zaawansowaną aparaturę badawczą, zwłaszcza w instytutach fizyki jądrowej i chemii jądrowej.
Uniwersytet w Moguncji utrzymuje bardzo dobre kontakty z nauką polską, regularnie zapraszając profesorów z Polski na wykłady gościnne. W ramach Instytutu Slawistyki oferowane są studentom również studia polonistyczne, jak również krótsze kursy z języka i kultury polskiej.
Od 2007 moguncka uczelnia wyróżnia się kolejną specjalnością: jest pierwszym niemieckim uniwersytetem, który produkuje internetowy program telewizyjny. Program ten przeznaczony jest dla nowo immatrykulowanych studentów i nazywa się ersti.tv (w tłumaczeniu pierwszacy.tv).