Już w 1940 w mieście zaczął kształtować się ruch oporu skierowany przeciwko kolaboracyjnym władzom oraz niemiecko-włoskiemu okupantowi. W mieście swoje komórki mają lewicowe Wyzwolenie-Południe i Wolni Strzelcy oraz prawicowa Walka, działająca wyłącznie w Rodan skrajnie lewicowa organizacja Powstaniec, oraz inne lokalne siatki. Po ataku Rzeszy na Związek Radziecki uaktywniło się także środowisko Partii Komunistycznej tworząc grupy Wolnych Strzelców i Partyzantów (FTP) w mieście i departamencie. W Lyonie zakonspirował się sierż. Jean Moulin ps. „Rex”, delegat Komitetu Wolnej Francji na kraj. Działania „Rexa” miały na celu zjednoczenie rozdrobnionego ruchu oporu i dokładne skoordynowanie jego działalności z walką Aliantów na froncie. Dzięki jego działaniom doszło do scalenia Walki, Wyzwolenia-Południe i Wolnych Strzelców w Tajną Armię (AS) wierną Wolnej Francji. Sam Moulin stanął na czele Ruchu Zjednoczenia Oporu (MUR).