Wnętrze thumb|left|Wnętrze Kościoła Bożego Ciała Na przedłużeniu głównej nawy znajduje się prezbiterium z głównym ołtarzem, oddzielone od reszty kościoła kamienną balustradą. W centrum bogato zdobionego ołtarza znajduje się krucyfiks z postaciami Matki Bożej i św. Jana, a także figury świętych Augustyna i Ambrożego. Z obu stron prezbiterium znajdują się drzwi do zakrystii. Nad jednymi z nich wisi obraz Świętej Rodziny z I połowy XVI wieku, a nad drugimi obraz „Uczniowie z Emaus”, prawdopodobnie autorstwa Jana Styki. Do najcenniejszych zabytków znajdujących się w zakrystii należy ornat z XV wieku. Przedstawia on sceny: Adoracji Dzieciątka, Zwiastowania, Ofiarowania w świątyni. Przed prezbiterium znajduje się kamienna chrzcielnica.
W nawach bocznych tuż przed prezbiterium są ołtarze boczne. W lewej nawie znajduje się ołtarz poświęcony Matce Bożej. Na obraz nałożona jest barokowa sukienka z XVIII wieku, wykonana prawdopodobnie przez krakowskiego złotnika Szymona Zmyślnego. W prawej nawie znajduje się ołtarz Jezusa Miłosiernego, a także obraz Jezusa na tle słomnickiego rynku. Po obu stronach ołtarzy bocznych znajdują się figury świętych m.in. Jacka i św. Jana.