Na 65–73 km swojego biegu Dunajec opływa Pieniny Spiskie. Na 73–75 km dokonuje Przełomu Czorsztyńskiego (obecnie jest to Jezioro Czorsztyńskie spiętrzone zaporą w Niedzicy). Tuż poniżej niego jest drugi sztuczny zbiornik – Sromowce w Sromowcach Wyżnych. Przepływając przez Pieniny Dunajec tworzy malowniczy Pieniński Przełom Dunajca na odcinku między Sromowcami Niżnymi a Szczawnicą, jednocześnie będąc rzeką graniczną między Polską a Słowacją. Różnica wysokości między ujściem Białki a poziomem wody w Krościenku nad Dunajcem wynosi 530 m, średni spadek 3,2m/km. Dalej płynie na północ przez Beskidy Zachodnie (Przełom Tylmanowski między Pasmem Lubania a Pasmem Radziejowej), Kotlinę Sądecką. Po połączeniu z największym dopływem, Popradem, płynie szeroką doliną wielodzielnym korytem. Przełamuje się przez wzniesienia Pogórza Rożnowskiego, gdzie przegradzają go zapory wodne, tworzące: w Rożnowie – Jezioro Rożnowskie i Czchowie – Jezioro Czchowskie. Wpływa do Kotliny Sandomierskiej, płynąc w końcowym odcinku przez Nizinę Nadwiślańską obwałowanym korytem w szerokiej dolinie.