Meissnitzer startowała jeszcze przez pięć kolejnych sezonów, jednak nie zdołała nawiązać do wyników z 1999 roku. W tym czasie łącznie dziesięć razy stawała na podium, przy czym odniosła trzy zwycięstwa: 4 stycznia 2004 roku w Megève, 11 grudnia 2004 roku w Altenmarkt i 4 grudnia 2005 roku w Lake Louise wygrywała supergiganty. W klasyfikacji generalnej najlepiej wypadła w sezonie 2003/2004, który ukończyła na ósmym miejscu. Ponadto w sezonie 2005/2006 była dziewiąta, a w klasyfikacji supergiganta zajęła drugie miejsce za Michaelą Dorfmeister. Ostatnie pucharowe podium wywalczyła 13 marca 2008 roku w Bormio, gdzie supergiganta ukończyła na trzeciej pozycji. W 2006 roku wzięła udział w igrzyskach olimpijskich w Turynie, zdobywając brązowy medal w supergigancie. Uplasowała się tam 0,59 sekundy za Dorfmeister i 0,32 sekundy za Janicą Kostelić z Chorwacji. Na rozgrywanych rok później mistrzostwach świata w Åre w tej samej konkurencji była ósma. W marcu 2008 roku zakończyła karieręTriumph for the CARRERA Ski Racing Team .