Niemniej skargi dotarły do Sparty, Pauzaniasz został odwołany do domu, gdzie był sądzony. Uniewinniono go od zarzutu medyzmu (współpracy z Persami), ale został skazany za mniej ważne przewinienia. Na jego miejsce wysłano nowego dowódcę, ale Ateńczycy zdążyli już przejąć dowództwo w wojnie z Persami. W takiej sytuacji Sparta wycofała się z dalszych walk.
Jak dalej relacjonuje Tukidydes, Pauzaniasz, zwolennik dalszego uczestnictwa Sparty w wojnie, udał się jako osoba prywatna do Byzantionu, rzekomo by walczyć z Persami, ale na nowo podjął pertraktacje z królem perskim. Ateńczycy zmusili go do opuszczenia miasta, więc udał się do Kolony w Azji Mniejszej, gdzie dotarł do niego posłaniec ze Sparty z rozkazem powrotu. Pauzaniasz usłuchał. W Sparcie początkowo został uwięziony, ale kiedy zgodził się na proces, został uwolniony. Mimo tego traktowany był przez Spartan z nieufnością, oskarżano go o przygotowywanie buntu helotów. Miał też pozostawać w kontakcie z perskim satrapą Artabazosem, a jeden z listów do niego, przechwycony przez spartańskich eforów, stał się podstawą do kolejnego oskarżenia. Pauzaniasz, ostrzeżony przez jednego z eforów, schronił się w sanktuarium Ateny, gdzie został odizolowany i zagłodzony. Tuż przed śmiercią głodową, został wyniesiony na zewnątrz by nie zanieczyścić przybytku.