Ponadto występują liczne i rzadkie gatunki naskalnych roślin wapieniolubnych, m.in. rozchodnik wielki, który jest żywicielem gąsienic bardzo rzadkiego pienińskiego motyla niepylaka apollo. Masyw Trzech Koron, a w szczególności piarżyska żlebu Spuszczalnica, były w 1990 r. ostatnim miejscem w Pieninach, na którym stwierdzono występowanie tego gatunku, i to w liczbie jedynie 20-30 osobników. Dzięki programowi restytucji niepylaka apollo, prowadzonemu w latach 1991–2010, populacja tego motyla na zboczach Trzech Koron utrzymuje się.
Historia Trzy Korony pierwotnie zwano Pieninami. W 1834 r. pojawiła się w dokumentach nazwa Kronenberg (przetłumaczona na polski jako Korona), a od 1860 r. dopiero obecna nazwa. Trzy Korony odwiedzane były turystycznie od bardzo dawna. Już w 1842 r. H. Kratter pisał: „Nie ma (...) gościa, który by nie odwiedził tych szczytów ze strony dostępnej (...) i nie napasł się stąd najpiękniejszym i najmilszym widokiem Karpatów”. W 1906 r. wyznakowano pierwszą trasę turystyczną na szczyt. W 1929 r. Trzy Korony zostały przez polski rząd wykupione od prywatnych właścicieli.