17 września 1939 – razem z innymi członkami rządu RP – opuścił Polskę. Jego majątek we wsi Młoszowa został splądrowany przez Niemców, którzy spalili również jego bibliotekę. Szembek do śmierci pozostał na emigracji.
10 października 1905 ożenił się z hr. Izabelą Skrzyńską.
Ordery i odznaczenia Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski (10 listopada 1928)M.P. z 1928 r. nr 260, poz. 629 „za zasługi na polu dyplomatycznem”. Medal Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości (1928) Krzyż Wielki Orderu Krzyża Południa (Brazylia, 1934) Krzyż Wielki Orderu Chrystusa (Portugalia, 1934) Krzyż Wielki Orderu Zasługi (Węgry, 1935) Krzyż Wielki Orderu Gwiazdy Białej (Estonia, 1938) Krzyż Wielki Orderu Feniksa (Grecja, 1938) Krzyż Wielki Orderu Trzech Gwiazd (Łotwa, 1938) Krzyż Wielki Orderu Korony Dębowej (Luksemburg) Krzyż Wielki Orderu Korony Włoch (Włochy) Krzyż Wielki Orderu Korony Rumunii (Rumunia) Krzyż Wielki Orderu Gwiazdy Rumunii (Rumunia) Wielki Oficer Orderu Legii Honorowej (Francja, 1938) Odznaka Honorowa Olimpijska I klasy (Niemcy, 1938)
Przypisy
Bibliografia Diariusz i teki Jana Szembeka 1934–1939, t. 1–5, Londyn 1964–1972, wydane wcześniej w skrócie po francusku w 1952 r. jako Journal 1933–1939. Jan Szembek Diariusz.