Pełnił funkcję wiceprzewodniczącego Stowarzyszenia Francja-Polska dla Europy, należał do Rady Fundatorów Polskiej Fundacji im. Roberta Schumana. Był autorem i współautorem licznych raportów, dokumentów, artykułów i opracowań poświęconych problematyce międzynarodowego ruchu związkowego oraz zagadnieniom wynikającym ze stosunków Unia Europejska – Polska. Jest bohaterem wywiadu-rzeki Spotkania na Bagateli.
Był żonaty z neuropediatrą Zofią Kułakowską, która w 2013 przekazała do zasobu Archiwum Akt Nowych część dokumentów dotyczących około 60 lat działalności męża. Miał trzy córki: Krystynę, Barbarę i Elżbietę.
Zmarł w warszawskim Centralnym Szpitalu Klinicznym MSWiA. Pogrzeb Jana Kułakowskiego odbył się 1 lipca 2011 w sanktuarium św. Andrzeja Boboli w Warszawie, pochowany został na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 2–5–9/10).
Odznaczenia i wyróżnienia Ordery i odznaczenia Order Orła Białego (2002) Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski (1995) Kawaler Legii Honorowej (Francja) Wielki Oficer Narodowego Orderu Zasługi (Francja) Wielki Oficer Orderu Leopolda II (Belgia)
Nagrody i wyróżnienia Tytuł honorowego członka NSZZ „Solidarność” – Solidarni z Solidarnością (1995) Polska Nagroda Europejska przyznana przez Polską Fundację im.