Status zagrożenia i ochrona Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje błotniaka stawowego za gatunek najmniejszej troski (LC – Least Concern) nieprzerwanie od 1988 roku. Liczebność światowej populacji, wstępnie obliczona na podstawie szacunków organizacji BirdLife International dla Europy i całej Turcji z 2021 roku, mieści się w przedziale 600 000 – 1 100 000 dorosłych osobników. Trend liczebności populacji uznaje się za prawdopodobnie stabilny.
W Polsce objęty ochroną gatunkową ścisłą, wymaga ochrony czynnejRozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt ().. Na Czerwonej liście ptaków Polski został sklasyfikowany jako gatunek najmniejszej troski (LC). W latach 2013–2018 liczebność populacji lęgowej błotniaka stawowego na terenie kraju szacowano na 6600–7400 par. Zagraża mu m.in. pozbawianie go miejsc do gniazdowania i żerowania przez: wykaszanie i wypalanie (likwidacja) szuwarów na stawach i innych zbiornikach wodnych; osuszanie mokradeł i śródpolnych zbiorników wodnych; regulowanie cieków wodnych. Natomiast ujednolicanie wiejskiego krajobrazu i intensyfikacja upraw niekorzystnie wpływają na populacje ofiar błotniaka, zubożają ich skład i zmniejszają liczebność.