Dwa lata spędził w Wiedniu, studiując u Johanna Josepha Fuxa.
Zelenka komponował niemal wyłącznie dzieła religijne, dlatego nazywany jest czasem „katolickim Bachem”, jednak ze względu na obecność wirtuozerii w jego muzyce skrzypcowej wspominany jest też czasem jako „czeski Vivaldi”. Zmarł w Dreźnie 23 grudnia 1745 roku.
Dzieła Kompletny spis utworów Zelenki zawiera niemal 250 utworów, przeważnie o charakterze religijnym, w tym 21 mszy (jedna zaginęła), 4 requiem, 2 wielkie oratoria, 2 Magnificat i Te Deum, 13 litanii, wiele psalmów, hymnów i antyfon.
Do najważniejszych należą przede wszystkim msze, skomponowane w ostatnich 10 latach życia, oratoria i litanie.
Szczyt jego twórczości świeckiej, a zarazem szczytowy barok muzyczny reprezentuje Sub olea pacis et palma virtutis i jego utwory instrumentalne.
Kompletny katalog dzieł Zelenki stworzył niemiecki muzykolog, Wolfgang ReicheWolfgang Reiche: Katalog utworów Zelenki (ZWV)..
Msze i Requiem , G-dur, c. 1711 (ZWV 1) Missa Judica me, F-dur, 1714 (ZWV 2) Missa Corporis Domini, C-dur, c.