Obok gatunków rodzimej flory na terenie Parku pojawiają się również gatunki obce, w tym inwazyjne. Pracownicy Parku analizują takie pojawy, a w miarę potrzeby podejmują działania zapobiegawcze. M. in. w latach 2020-2023 prowadzone były intensywne zabiegi mające na celu zwalczanie barszczu Sosnowskiego, którego występowanie stwierdzono w okolicy Tarnawy Niżnej.
Fauna Bieszczadzki Park Narodowy stanowi ostoję dla przeszło 230 gatunków kręgowców, w tym 58 gatunków ssaków. W jego granicach występują prawie wszystkie krajowe gatunki dużych ssaków drapieżnych z niedźwiedziem, wilkiem, rysiem i żbikiem oraz roślinożernych, z żubremŻubry w Bieszczadach. i jeleniem karpackim. W latach 60. XX w. z ośrodków hodowlanych w Pszczynie i Niepołomicach przywieziono w Bieszczady blisko 20 żubrów. Zwierzęta te na tyle się tutaj zaaklimatyzowały i dostosowały do górskich warunków, że obecnie ich liczba sięga 280 osobników, z czego kilkadziesiąt przebywa na terenie parku. Jest to największe dziko żyjące górskie stado tych zwierząt na świecie.