W 1260 pierwszy biskup warmiński, Anzelm z Miśni, powołał 16-osobową kapitułę warmińską. Choć Anzelm, podobnie jak pozostali trzej biskupi pruscy, był członkiem zakonu krzyżackiego, w odróżnieniu od pozostałych biskupstw powoływał do kapituły wyłącznie kanoników, którzy nie były Krzyżakami. Spowodowało to formalne uniezależnienie się kapituły warmińskiej od władz zakonnych (żaden następny wybrany przez kapitułę biskup warmiński nie był Krzyżakiem). Z drugiej strony, ze względu na położenie Warmii pomiędzy Prusami Górnymi a Prusami Dolnymi, kapituła warmińska była zależna od ochrony wojskowej zakonuSylvain Gouguenheim Krzyżacy (Les Chevaliers Teutoniques) wyd. Muzeum Zamkowe w Malborku, 2012, str. 176.
Pierwotnie siedziba diecezji warmińskiej, a za tym siedziba kapituły, była ulokowana w Braniewie przy kościele św. Andrzeja, który był kościołem katedralnym. Jednak krótko potem, w czasie powstania Prusów, świątynia została zniszczona (później na miejscu pierwszej katedry stanął tam kościół św. Katarzyny).