Nominacje urzędników wyższej rangi wójta i ekonoma kapitulnego oraz burgrabiów (starostów) w zamkach kapitulnych ustalała cała kapituła.
Wybór biskupa z członków kapituły Kanonikiem kapituły warmińskiej według pierwotnych jej statutów mógł zostać indygen, czyli obywatel Prus. Były jednak odstępstwa od tej zasady. Krzyżakom nie udało się wprowadzić do kapituły kanoników członków zakonu. W razie śmierci kanonika na wakujące miejsce następnego obsadzał papież w miesiącach nieparzystych, a w miesiącach parzystych biskup warmiński. W razie śmierci biskupa kapituła powoływała ze swoich członków wikariusza kapitulnego, który pełnił obowiązki biskupa do czasu zatwierdzenia przez papieża nowego biskupa wybranego spośród członków kapituły. Sprawa wyboru nowego biskupa wbrew woli kapituły warmińskiej była nawet przedmiotem wojny polsko-warmińskiej (księżej) w latach 1478 i 1479, kiedy to król Kazimierz Jagiellończyk chciał na tronie biskupów warmińskich obsadzić Wincentego Kiełbasę, a kapituła wybrała Mikołaja Tungena. Ostatecznie król pogodził się z Tungenem. Sprawę królewskiego wpływu na wybór biskupa uregulowano znacznie później.