w 2000 byli już w separacji, a dwa lata później ostatecznie się rozwiedli. W maju 2002 zaczął się spotykać z Milą Kunis. Ich nieformalny związek przetrwał do 2010, a na początku 2011 oficjalnie potwierdzono, że para nie jest już razem, ale pozostaje ze sobą w przyjacielskich kontaktach. Trzy lata później, pod koniec 2013, zaczął się spotykać z Jordan Lane Price, aktorką znaną z serialu Wszystkie moje dzieci. Jego obecną partnerką życiową jest aktorka Brenda Song, z którą zagrał w filmie ChangelandMacaulay Culkin and Brenda Song Are Dating, Show PDA During Theme Park Date: Pics!. Mają syna, Dakotę (ur. 5 kwietnia 2021). Drugie dziecko Culkina i Song urodziło się w grudniu 2022 roku.
17 września 2004 został aresztowany w Oklahomie za posiadanie 17,3 g marihuany, 16,5 mg alprazolamu i 32 mg klonazepamuActor Macaulay Culkin arrested for drug possessionMacaulay Culkin Drug Bust. Opuścił areszt po zapłaceniu kaucji w wysokości 4 tys. dolarów.