Po okupacji Wilna przez Armię Czerwoną i aneksji Litwy przez ZSRR, został w październiku 1940 aresztowany przez NKWD i wywieziony do łagru nad Peczorą w Rep. Komi, gdzie przebywał do marca 1942. Uwolniony po układzie Sikorski-Majski, wraz z Armią Andersa latem 1942 opuścił ZSRR jako uchodźca cywilny. Osiadł w Palestynie. Od 1943 był członkiem zarządu Związku Patriotów Polskich w Palestynie na Bliskim Wschodzie (od marca do maja 1944 współredagował organ prasowy ZPP „Biuletyn Wolnej Polski”). Starał się o wyjazd do Moskwy, gdzie został wezwany pod koniec 1944, po czym 30 kwietnia 1945 przybył do Warszawy i objął stanowisko wicedyrektora departamentu w Ministerstwie Aprowizacji i Handlu, później pracował w Ministerstwie Ziem Odzyskanych jako dyrektor departamentu.

11 listopada 1934 Rada Miasta Kościerzyny nadała Stefanowi Kirtiklisowi tytuł Honorowego Obywatela Kościerzyny.

Po zwolnieniu z pracy w administracji zamieszkał w 1950 w Magdalence pod Warszawą, gdzie zmarł. Został pochowany na gdańskim Cmentarzu Srebrzysko (rejon X).

Życie prywatne W 1918 wziął ślub z poznaną w czasach działalności w PPS Janiną z Szymańskich (1897–1987), późniejszą posłanką na Sejm II RP 3 kadencji z ramienia BBWR i członkinią władz Związku Pracy Obywatelskiej Kobiet.