W II połowie XIII wieku na terenie opactwa wzniesiony został książęcy zamek na planie trójkąta z wieżą od strony skarpy wiślanej. W 1306 r. szwagier biskupa Jana Muskaty Gerlach de Culpen obległ, zdobył i spalił sprzyjające Władysławowi Łokietkowi opactwo. Na początku XIV w. we wschodnim skrzydle klasztornym powstał krzyżowo sklepiony kapitularz, a w XV w. otaczające wirydarz gotyckie krużganki. Nowy gotycki kościół zbudowano w XV wieku, a jego konsekracja miała miejsce w 1463 r. za rządów opata Macieja ze Skawiny. W XV wieku benedyktyni tynieccy zaliczali się do najbogatszych konwentów w Polsce – jak napisał Jan Długosz, benedyktyni tynieccy posiadali dobra, składające się „ze stu wsi i pięciu miasteczek”. Gdy w 1457 r. król Kazimierz Jagiellończyk wykupił księstwo oświęcimskie i księstwo zatorskie, Tyniec stracił znaczenie jako strażnica graniczna. Z tego powodu w XVI wieku budynek zamku przeszedł na własność klasztoru i został zaadaptowany na siedzibę opata. W latach 1618–1622 benedyktyni przebudowali gotycki kościół w stylu barokowym i w tej postaci zachował się zasadniczo bez zmian do naszych czasów. Nowy kościół konsekrowano 8 maja 1622. Barokowa przebudowa objęła również klasztor. Opactwo zostało zniszczone przez wojny w połowie XVII wieku, lecz wkrótce zostało odbudowane w stylu barokowym i powiększone (m.in.