Decyzją Pawła VI 15 listopada 1966 r. Kongregacja Doktryny Wiary wydała dekret anulujący kanony 1399 i 2318 ostatecznie likwidując po 400 latach indeks ksiąg zakazanych. Paweł VI dokonał reorganizacji Kurii Rzymskiej (konstytucja apostolska Regimini Ecclesiae Universae, 15 sierpnia 1967), zniósł lub ograniczył znaczenie części urzędów; jednocześnie powołał do życia nowe urzędy, uwzględniając wymogi współczesnego świata (m.in. Papieską Komisję ds. Środków Społecznego Przekazu). Zreformował również Kolegium Kardynalskie, a jego nominacje znacznie poszerzyły grono kardynałów zarówno liczebnie, jak i narodowo. Przywrócił wysokie znaczenie kardynałom-patriarchom Kościołów wschodnich, a także wprowadził ograniczenie wiekowe prawa udziału w konklawe (80 lat). Ponadto zarządził, by dziekan i subdziekan Kolegium Kardynałów był wybierany z grona kardynałów biskupów, a nie otrzymywał godność z tytułu starszeństwa, jak to było do tej pory. Zalecił także, by wiek 75 lat był granicą, przy której każdy biskup winien zaproponować rezygnację z funkcji.
Kreował 144 kardynałów na sześciu konsystorzach, m.in.