W Sekcji Historii KUL kierował Katedrą Historii Średniowiecznej i Katedrą Historii Kultury Polskiej, a od 1957 kierował Instytutem Geografii Historycznej Kościoła w Polsce, którego był współtwórcą. W latach 1968–1974 był dziekanem Wydziału Nauk Humanistycznych KUL. Pełnił funkcję wiceprzewodniczącego Międzynarodowej Komisji Historii Porównawczej Kościołów, przewodniczącego Polskiej Komisji Historii Porównawczej Kościołów w Komitecie Nauk Historycznych Polskiej Akademii Nauk oraz kuratora Koła Naukowego Historyków Studentów KUL. W latach 2000–2004 przewodniczył Konwentowi Europejskiego Kolegium Polskich i Ukraińskich Uniwersytetów, następnie został jego honorowym przewodniczącym. Prace magisterskie oraz doktorskie pod kierunkiem Jerzego Kłoczowskiego napisali m.in. Czesław Deptuła, Henryk Gapski, Grażyna Karolewicz, Adam Chruszczewski, Jerzy Flaga, Piotr Gach, Janusz Krupski, Bolesław Kumor, Ewa Kurek, Stanisław Litak, Sławomir Łukasiewicz, Wiesław Müller, Stanisław Olczak, Daniel Olszewski, Adam Penkalla, Robert Potocki, Franciszek Stopniak, Józef Szymański, Tadeusz Śliwa, Eugeniusz WiśniowskiWykaz prac magisterskich i doktorskich napisanych pod kierunkiem Jerzego Kłoczowskiego, [w:] Henryk Gapski (red.), Historiae peritus. Księga jubileuszowa profesora Jerzego Kłoczowskiego, cz.