19 stycznia 1943 roku zameldował się w dyspozycji KG AK.

Skierowany na Wołyń, 7 marca 1943 roku zameldował się w Kowlu u Komendanta Okręgu płk Kazimierza Bąbińskiego ps. „Luboń” – swojego dowódcy w 5 pp Leg. – gdzie objął stanowisko inspektora Inspektoratu Kowel i działał tam pod pseudonimem „Kowal”, „Zagończyk” organizując struktury konspiracyjne.

15 stycznia 1944 roku Komendant Okręgu Wołyń zarządził wykonanie „Burzy” i ogłosił mobilizację struktur konspiracyjnych. W rejonie koncentracji w Zasmykach zebrało się około 3.000 ludzi. Dowódcą zgrupowania „Gromada” został mjr Jan Szatowski. W marcu 1944 r. w ramach odtwarzania Wojska Polskiego przez AK stanął na czele 50 pułku piechoty AK w 27 Wołyńskiej Dywizji Piechoty AK jednocześnie dowodząc zgrupowaniem pułkowym „Gromada”. Po śmierci ppłk. dypl. Jana Wojciech Kiwerskiego ps. „Oliwa” dowodził dywizją w okresie 19 kwietnia – 3 maja 1944 roku.